يضم المتحف بين جنباته الكثير من الأدوات الطبية التي استخدمها مشاهير علماء الطب من المصرين والأوربيين منذ إنشاء مدرسة الطب المصرية في عهد «محمد علي باشا» كما يضم الكثير من الكتب الطبية النادرة ولا سيما في علم التشريح هذا فضلا عن كثير من التحف الفنية النادرة التي تصور لنا بدايات مدرسة الطب في منطقة أبو زعبل ومدرسة طب قصر العيني بالقاهرة.
ويغطي المتحف تاريخ الطب في منطقة المشرق العربي وبلاد الشام والدور التاريخي الذي لعبته كلية طب قصر العيني في الربط بين الطب في مصر الفرعونية والطب الحديث.
وهو أول متحف لجامعة طب عربية هي جامعة قصر العيني التي تعتبر أول مدرسة طب في مصر. افتتح المتحف على مراحل في عام 1998، وفي عام 1999.